Platforma SmartChip Real-Time PCR

System do wysokoprzepustowej analizy qPCR oraz RT-qPCR

Real-time PCR (qPCR) to potężna technika genotypowania i analizy ekspresji genów. Obecnie eksperymenty qPCR stają się coraz bardziej złożone – analizowanych jest wiele genów w całych paletach próbek. Aby nie popełnić błędów technicznych w tak czułej analizie często wykonuje się je nawet w triplikatach. Często specjaliści określają normy i ścisłe wytyczne w przeprowadzaniu takich analiz, dokładają dodatkowe kontrole i zalecenia przeprowadzania oraz porównywania wyników pomiędzy oznaczeniami. W związku z tym powstaje zwiększone zapotrzebowanie na wysokoprzepustowe rozwiązania o wysokiej wydajności, czułości, specyficzności i powtarzalności.

Więcej o qPCR możecie przeczytać TU.

Platforma SmartChip Real-Time PCR System to kompletne rozwiązanie, umożliwiające wydajne i wysokoprzepustowe przeprowadzenie reakcji real-time PCR zapewniając niezrównany poziom elastyczności analizy i układu eksperymentalnego.
SmartChip umożliwia także przeprowadzenie analiz typu SNP i RT-qPCR.

Fig1.Schemat protokoły reakcyjnego z użyciem SmartChip MyDesign Kit oraz platformy SmartChip RealTime PCR System

W nieco ponad 2 godziny SmartChip Real-Time PCR Cycler może nastawić 5 184 równoległych reakcji. Platforma jest otwarta, dzięki czemu zapewnia elastyczność w zakresie używanych odczynników oraz zapewnia znaczące ograniczenie ich zużycia zmniejszając objętość reakcji do 100 nl (=0,1 ul).

Fig.2 Zapewnij sobie możliwość otrzymania spójnej, miarodajnej analizy multigenowej bez utraty elastyczności

Dużą zaletą systemu SmartChip jest chip reakcyjny składający się z 5 184 pojedynczych nanodołków, w których mogą zachodzić reakcje (SmartChip MyDesign Kit). Zapewnia to dużą elastyczność przy konstruowaniu analizy. Można przeprowadzić badanie 384 analizując 12 sekwencji lub przeprowadzić analizę multigenową (384 sekwencje) w 12 próbkach zachowując te same warunki i kontrole reakcji. System umożliwia przeprowadzenie 14 różnych wariacji próbka/sekwencja (tabela powyżej).

Fig.3 Zachowaj wydajność bez rezygnacji z czułości analizy qPCR

System SmartChip umożliwia wykonywanie reakcji w 100-nl, co przekłada się na znaczną oszczędność odczynników i środków w porównaniu z reakcjami 25 µl na płytkach 384-dołkowych. Reakcje w 100-nl reakcje, wymagają tylko 3-10 ng/μl materiału (RNA/DNA), aby przeprowadzić czułą analizę, bez potrzeby wstępnej amplifikacji. W porównaniu do systemu IFC, SmartChip Real-Time PCR jest optymalniejszym rozwiązaniem, gdyż ten pierwszy mimo przeprowadzania reakcji w mniejszej objętości 10 µl wymaga większej ilości materiału do reakcji 60 ng/μl (preamplifikacji).

Analizę ekspresji genów można przeprowadzić zarówno przy użyciu metod opartych na barwnikach jak i na sondach, w zależności od potrzeb badawczych.

Fig.4 Platforma SmartChip Real-Time PCR

System składa się z Nanodyspensera (na lewo) oraz SmartChip Real-time termocyklera (na prawo)
Nanodyspenser umożliwia naniesienie próbek w wysoką precyzją i nanolitrową dokłdnością. W przeciągu 40 min przygotowuje 100 nl mieszaninę reakcyjną w 5184 nanodołkach.
SmartChip Real-time termocykler pozwala na przeprowadzenie analizy z różnymi barwnikami (FAM, VIC, ROX i SYBR) umożliwiając pracę zarówno z sondami jak i w systemie interkalującym. Analiza wyników trwa 2h i możliwa jest do przeprowadzenia w załączonym oprogramowaniu.

Platforma zaopatrzona jest w SmartChip MultiSample NanoDispenser (MSND), który bardzo precyzyjnie dozuje odczynniki oraz próbki na chip reakcyjny. Komora dyspensyjna zapewnia odpowiednią temperaturę i nawilżenie otoczenia zmniejszając ryzyko wyparowania reagentów.

Fig.5 Wykonuj czułe, dokładne i spójne genotypowanie nawet dla próbek o stężeniu jak małym jak 1 ng/µl

System SmartChip zapewnia bardzo dokładną i czułą analizę, co ma kluczowe znaczenie dla wykonywania dokładnych badań podczas genotypowania. Obrazy powyżej przedstawiają wyniki z genotypowania tych samych próbek w różnym rozcieńczeniu 1 ng/µl (panel A) i 5 ng/µl (panel B) były badane w systemie SmartChip przy użyciu tego samego testu genotypowania. Chociaż próbki bardziej rozcieńczone 1 ng/µl są bardziej rozproszone na wykresie, nadal możliwe jest ich przyporządkowanie  do określonej grupy.

Fig.6 Platforma SmartChip zapewnia wysoce powtarzalne pomiary ekspresji genów w szerokim zakresie dynamicznym (6-log)

Lewy wykres pokazuje sporządzoną krzywa dla punktów 10^0 do 10^6 (6-log) z DNA faga lambda. Platforma SmartChip zapewnia czułą detekcję i umożliwia dokonanie analizy ekspresji genów w szerokim zakresie dynamicznym detekcji z wysoką wartością korelacji R2 >0,99.
Prawy wykres to zestawienie analiz trzech różnych użytkowników platformy SmartChip, którzy przeprowadzili ten sam test ekspresji genów na dwóch różnych chipach w trzy różne dni. Krzywe pokazują spójność i powtarzalność otrzymanych danych (R2 >0,98) dla porównań między chipami, operatorami oraz dniami.

Zobacz zastosowanie platformy SmarChip przy badaniu lekooporności.

Broszura
Specyfikacja