Fragmenty bogate w pary GC – „GC- Rich”
Aplikacja | Kłopotliwe genotypowanie | Amplifikacja długich odcinków, sekwencjonowanie, klonowanie | NGS |
Rekomendacja | Advantage GC 2 | TaKaRa LA Taq z buforem GC | PrimeSTAR® GXL |
Cecha | Wysoka zawartość GC w matrycy | Generacja długich odcinków bogatych w GC | Wysoka wierność |
Wielkość amplikonu | |||
gDNA | <3,5 kb | <17,5 kb | <30 kb |
Plazmid lambda | <6 kb | <35 kb | <40 kb |
cDNA | <2 kb | <13,5 kb | |
Aktywność | |||
5’-3’ ekgzonukleazy | Tak | ||
3’-5’ ekgzonukleazy | Tak | Tak | Tak |
Generowane końce | T/A | T/A | Tępe końce |
Wierność | Wierna | Wierniejsza | Najwierniejsza |
Szybkość | 60 sec/kb | 60 sec/kb | 10 sec/kb |
Matryce bogate w GC | < 90% | <74% | <73% |
Formaty produktu | |||
Kit z kontrolami | Dostępny | Dostępny | |
Hot Start | Tak |
Advantage GC 2 Polymerase Mix
To blend polimeraz proofreading i Titanium przez co zapewnia znakomity balans pomiędzy wierną a wysokoproduktywną reakcją PCR. Ponad to format GC zawiera dodatkowy reagent GC-Melt oraz DMSO, które pozwalają na powielenie matryc nawet w 90% złożonych z GC.
Advantage GC 2:
– jest doskonałym wyborem kiedy chcemy zamplifikować cDNA bogate w pary GC. Jeśli matrycą jest ssacze gDNA polecamy Advantage GC Genomic LA Polymerase Mix generującą dłuższe fragmenty (48 kb).
– umożliwia amplifikację matryc do 3,5 kb z podwyższoną wiernością.
– zapewnia dobrą produktywność na złożonych matrycach dzięki zawartość GC-Melt Reagent oraz zoptymalizowanemu buforowi z DMSO.
– dostępna w zestawach z komponentami reakcji i kontrolami.
Advantage GC 2 successfully amplifies GC-rich targets. A 510 bp portion of IGFR II cDNA, containing a 110 bp region with a GC content of 90%, was amplified from Human Placenta Marathon-Ready cDNA (Cat. No. 639311) using the following: Advantage 2 + 6% DMSO + 0.1 M GC-Melt (Lane 1); Advantage 2 + 1.0 M GC-Melt (Lane 2); Advantage GC 2 + 1.0 M GC-Melt (Lane 3); and Advantage 2 + 5% DMSO (Lane 4). Lane M: DNA size marker.
Strona produktu-> Advantage GC 2 products (takarabio.com)
TaKaRa LA Taq DNA Polymerase with GC Buffers
LA taq to jedna z najbardziej popularnych polimeraz Takara – ponad 3 tyś publikacji, składa się z blendu polimeraz – enzymu pełnej długości TaKaRa Taq oraz proofreading z aktywnością egzonukleazy 3’-5’. Formuła z buforem GC pozwala ponad to na amplifikację nie tylko długich odcinków ze zwiększoną wiernością ale i bogatych w pary GC zwiększając uniwersalność tego rozwiązania.
TaKaRa LA Taq z GC buffer umożliwia:
– powielenie długich, złożnych martyc o strukturach wyższego rzędu (73% GC), dzięki systemowi dwóch buforów. Buffer I jest doskonały przy amplifikacji złożonych dłuższych matryc (≥5 kb), buffer II do krótszych (2-3 kb)
– zwiększoną wierność amplifikacji w porównaniu do polimerazy Taq
– wysoką produktywność bez konieczności optymalizacji
Amplification of the Huntington’s Disease (HD) gene using Takara LA Taq DNA Polymerase. The HD gene is GC-rich and highly repetitive and the primers used in this experiment amplified regions of the HD gene IT15 CAG repeat. For all reactions, purified human genomic DNA (100 ng in a 50 µL reaction) was used as a template in reactions containing Takara LA Taq polymerase with either LA PCR Buffer II (lane 1), GC Buffer I (lane 2), or GC Buffer II (lane 3), or a competitor’s high GC DNA polymerase kit (lane 4). The sizes of the amplified products were 262 bp (GC content 73%) and 358 bp (GC content 71.5%). Lane M contains a 100 bp ladder.
Zobacz jak polimeraza TaKaRa LA Taq:
– pozwala zamplifikować długie matryce-> https://www.takarabio.com/learning-centers/pcr/technical-notes/long-range-pcr-with-la-taq#experiment1
– pozwala zidentyfikować czemu leopardy zamieniają się w czarne pantery- How the leopard lost its spots
PrimeSTAR GXL
Polimeraza archeobakteryjna, pełnej długości zaopatrzona w czynnik elongacyjny i hot start. Skrót GXL pochodzi od fraz GC-rich sequences, eXcess template present, Long amplicons. PrimeSTAR GXL zapewnia:
- możliwość powielania matryc bogatych w pary GC (73%)
- specyficzną pracę pomimo dużego stężenia DNA
- przeprowadzenia long PCR do 30 kb (gDNA)
- szybką amplifikację (10 sek/kb), co skraca procedury zwłaszcza przy LA PCR
- wierną amplifikację bez dołączania końców TA
- brak generacji niespecyficznych produktów, dzięki zaopatrzeniu w hot start
- możliwość generacji matryc z przeznaczeniem do sekwencjonowania NGS m.in. na Nanopore, typowania HLA
- ergonomię pracy dzięki wersji w premiksie
Zobacz jak PrimeSTAR GXL: – amplifikuje matryce bogate w pary GC -> https://www.takarabio.com/learning-centers/pcr/technical-notes/amplifying-gc-rich-templates -amplifikuje złożone matryce do sekwencjonowania -> https://www.takarabio.com/learning-centers/pcr/technical-notes/primestar-gxl-for-targeted-sequencing – pomaga w walce z wirusem Epstein-Barr -> https://www.takarabio.com/about/bioview-blog/cancer-research/when-epstein-barr-virus-becomes-a-chronic-menace – umożliwia sklonowanie ciężkiego łańcucha przeciwciała za pomocą megaprimera -> https://www.takarabio.com/learning-centers/pcr/technical-notes/megaprimer-pcr-with-primestar-gxl – pomaga wykrywać mozajcyzm somatyczny-> https://www.takarabio.com/learning-centers/pcr/technical-notes/detecting-somatic-mosaicism-using-massively-parallel-sequencing |
Dostępna w wersji OEM.